フリーページを削除したら、その配下のフリーページまで削除されてしまいました。

子階層を持つ上位ページを削除すると、「○○を削除してもよろしいですか？子階層がある場合はすべて削除されます。」というメッセージが表示されます。
[OK]をクリックすると、削除する上位ページの配下のページもすべて削除されますのでご注意ください。