メニューを削除したら、その配下のメニューまで削除されてしまいました。

子階層を持つ上位メニューを削除すると、「○○を削除してもよろしいですか？子階層がある場合はすべて削除されます。」というメッセージが表示されます。
[OK]をクリックすると、削除する上位メニューの配下のメニューもすべて削除されますのでご注意ください。